Khi nào cơ quan thuế kiểm tra doanh nghiệp là câu hỏi được nhiều chủ doanh nghiệp quan tâm nhằm chủ động chuẩn bị và tuân thủ đúng quy định pháp luật. Việc nắm rõ các trường hợp cơ quan thuế thực hiện kiểm tra giúp doanh nghiệp giảm thiểu rủi ro và đảm bảo hoạt động kinh doanh ổn định. Bài viết sau đây sẽ phân tích chi tiết vấn đề này cùng ACC Khánh Hòa.
1. Khi nào cơ quan Thuế kiểm tra doanh nghiệp? Chi tiết
Theo khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025, cơ quan thuế kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế trong các trường hợp cụ thể, gồm: hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế; hồ sơ thuộc diện kiểm tra sau hoàn thuế đối với trường hợp hoàn thuế trước theo nguyên tắc quản lý rủi ro và trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế; có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế; được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề; theo yêu cầu, đề nghị của cơ quan hoặc người có thẩm quyền; người nộp thuế có rủi ro cao trong các trường hợp như chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế hoặc chuyển địa điểm kinh doanh; trường hợp chuyển từ kiểm tra tại trụ sở cơ quan quản lý thuế sang kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế; kiểm tra theo yêu cầu giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế; và trường hợp hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế của người nộp thuế có rủi ro cao.
Đối với các trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề và các trường hợp doanh nghiệp thực hiện chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế hoặc chuyển địa điểm kinh doanh, điểm c khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025 quy định cơ quan thuế thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế không quá 01 lần trong 01 năm.
2. Các trường hợp doanh nghiệp bị kiểm tra thuế
Cơ quan thuế không chỉ kiểm tra khi doanh nghiệp có dấu hiệu vi phạm mà còn thực hiện kiểm tra dựa trên hồ sơ thuế, cơ sở dữ liệu quản lý thuế và nguyên tắc quản lý rủi ro. Theo khoản 1 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025, việc kiểm tra thuế ưu tiên ứng dụng công nghệ thông tin, kiểm tra trực tuyến, từ xa trên dữ liệu điện tử và nhằm đánh giá tính đầy đủ, chính xác, trung thực của việc kê khai, nộp thuế cũng như mức độ tuân thủ pháp luật của người nộp thuế.
Trường hợp kiểm tra tại trụ sở cơ quan quản lý thuế, cơ quan thuế có thể yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu; đồng thời căn cứ kết quả kiểm tra để xử lý theo thẩm quyền hoặc chuyển sang kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế theo điểm b khoản 2 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025. Vì vậy, doanh nghiệp có hồ sơ thuế phát sinh vấn đề cần làm rõ, có dấu hiệu vi phạm hoặc thuộc nhóm được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề có thể được kiểm tra theo quy định.
Xem thêm: Cách chuyển lỗ khi quyết toán thuế TNDN chi tiết
3. Quyền và nghĩa vụ của doanh nghiệp khi bị kiểm tra
Khi cơ quan thuế thực hiện kiểm tra, doanh nghiệp có quyền được giải trình về những vấn đề liên quan đến nội dung kiểm tra, bảo lưu ý kiến, khiếu nại, khởi kiện và tố cáo hành vi vi phạm pháp luật trong quá trình kiểm tra. Đặc biệt, điểm r quy định về quyền của người nộp thuế trong Luật Quản lý thuế 2025 cho phép doanh nghiệp từ chối việc kiểm tra tại trụ sở của mình khi cơ quan có thẩm quyền chưa có quyết định kiểm tra; đồng thời được từ chối cung cấp thông tin, tài liệu không liên quan đến nội dung kiểm tra hoặc thuộc bí mật nhà nước, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác.
Bên cạnh quyền, doanh nghiệp phải phối hợp với cơ quan thuế, cung cấp hồ sơ, thông tin, tài liệu có liên quan và thực hiện các yêu cầu hợp pháp trong quá trình kiểm tra. Việc kiểm tra thuế phải tuân thủ nguyên tắc không cản trở hoạt động bình thường của người nộp thuế; đồng thời, doanh nghiệp có quyền bảo vệ lợi ích hợp pháp của mình thông qua việc giải trình, bảo lưu ý kiến hoặc thực hiện quyền khiếu nại, khởi kiện theo quy định.
Xem thêm: Hướng dẫn tra cứu cơ quan thuế quản lý nhanh chóng
4. Hậu quả khi doanh nghiệp không tuân thủ quy định kiểm tra
Nếu doanh nghiệp không thực hiện đúng nghĩa vụ cung cấp thông tin, tài liệu hoặc có hành vi vi phạm trong quá trình kiểm tra, cơ quan quản lý thuế có thể xử lý về thuế và xử phạt vi phạm hành chính theo quy định. Trường hợp kết quả kiểm tra xác định doanh nghiệp còn thiếu thuế, doanh nghiệp có thể phải thực hiện nghĩa vụ thuế phát sinh và các khoản liên quan theo quy định pháp luật.
Đối với trường hợp phát hiện hành vi trốn thuế có dấu hiệu tội phạm, Luật Quản lý thuế 2025 quy định cơ quan quản lý thuế chuyển hồ sơ cho cơ quan điều tra có thẩm quyền để điều tra theo quy định. Do đó, doanh nghiệp cần cung cấp hồ sơ, chứng từ đầy đủ, trung thực và phối hợp đúng quy trình khi có quyết định kiểm tra hợp lệ.
Ngoài ra, doanh nghiệp cần lưu ý thời hạn kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. Theo quy định hiện hành, thời hạn kiểm tra thực hiện theo điểm d khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025 và hướng dẫn tại Thông tư 86/2026/TT-BTC, về nguyên tắc không quá 20 ngày kể từ ngày công bố quyết định kiểm tra; trường hợp cần thiết có thể được gia hạn một lần với thời gian gia hạn không quá 20 ngày.
5. Câu hỏi thường gặp
Khi nào cơ quan thuế kiểm tra doanh nghiệp thường xuyên nhất?
Cơ quan thuế lựa chọn doanh nghiệp để kiểm tra dựa trên các trường hợp được quy định tại khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025, trong đó có trường hợp doanh nghiệp có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế, được lựa chọn theo kế hoạch hoặc chuyên đề, có rủi ro cao hoặc thuộc các trường hợp như chia, tách, sáp nhập, giải thể, phá sản, chuyển địa điểm kinh doanh. Việc quản lý rủi ro được thực hiện trên cơ sở dữ liệu và ứng dụng công nghệ thông tin, do đó doanh nghiệp cần duy trì hồ sơ thuế, kế toán và chứng từ đầy đủ, chính xác để chủ động khi cơ quan thuế kiểm tra.
Doanh nghiệp có thể từ chối kiểm tra thuế không?
Doanh nghiệp có quyền từ chối việc kiểm tra tại trụ sở của mình khi cơ quan có thẩm quyền không có quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế; trường hợp đã có quyết định kiểm tra hợp lệ thì doanh nghiệp phải phối hợp thực hiện theo quy định. Ngoài ra, doanh nghiệp có quyền từ chối cung cấp thông tin, tài liệu không liên quan đến nội dung kiểm tra hoặc thuộc bí mật nhà nước, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác; đồng thời có quyền giải trình, bảo lưu ý kiến, khiếu nại hoặc khởi kiện theo quy định.
Kiểm tra thuế có ảnh hưởng đến hoạt động kinh doanh không?
Kiểm tra thuế được thực hiện theo nguyên tắc tuân thủ pháp luật và không cản trở hoạt động bình thường của người nộp thuế theo điểm b khoản 1 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025. Khi kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp, cơ quan thuế thực hiện trong phạm vi, nội dung của quyết định kiểm tra và theo thời hạn pháp luật quy định; vì vậy doanh nghiệp nên chuẩn bị đầy đủ hồ sơ, chứng từ và bố trí người có trách nhiệm phối hợp để quá trình kiểm tra được thực hiện thuận lợi.
Khi nào cơ quan thuế kiểm tra doanh nghiệp là nội dung quan trọng mà mọi doanh nghiệp cần nắm rõ để chủ động tuân thủ. Nếu bạn cần hỗ trợ chi tiết hơn về vấn đề này, hãy liên hệ ACC Khánh Hòa để được tư vấn kịp thời và chính xác.
Để lại một bình luận