Giải trình với cơ quan thuế là bước quan trọng giúp doanh nghiệp làm rõ các khoản thuế khi thực hiện quyết toán, từ đó giảm thiểu rủi ro bị xử phạt theo Luật Quản lý thuế 2025. Thủ tục này đòi hỏi sự chuẩn bị kỹ lưỡng về hồ sơ và lý do giải trình để cơ quan thuế chấp nhận. Doanh nghiệp cần hiểu rõ quy trình để bảo vệ quyền lợi hợp pháp của mình. Cùng ACC Khánh Hòa.
1. Lý do doanh nghiệp cần thực hiện giải trình với cơ quan thuế khi quyết toán
Quyết toán thuế là giai đoạn cơ quan thuế kiểm tra, đối chiếu các khoản thu nhập, chi phí và nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp. Theo khoản 1 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025, người nộp thuế phải khai chính xác, trung thực, đầy đủ các nội dung trong hồ sơ khai thuế và tự tính số tiền thuế phải nộp theo quy định. Đồng thời, khoản 1 Điều 20 Nghị định 252/2026/NĐ-CP quy định người nộp thuế có trách nhiệm giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu đầy đủ, đúng thời hạn theo yêu cầu của cơ quan quản lý thuế.
Đối với hồ sơ khai thuế đã nộp có sai, sót, khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025 cho phép người nộp thuế khai bổ sung trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót, nếu thuộc các trường hợp được quy định. Riêng trường hợp sai, sót liên quan đến phạm vi, thời kỳ đã thanh tra, kiểm tra và làm thay đổi nghĩa vụ thuế theo quy định thì người nộp thuế thực hiện bổ sung hồ sơ giải trình với cơ quan thuế.
2. Các trường hợp thường gặp cần giải trình với cơ quan thuế
Một số tình huống phổ biến bao gồm chênh lệch giữa số liệu trên báo cáo tài chính và hồ sơ khai thuế, chi phí cần bổ sung chứng từ chứng minh, giao dịch với bên liên kết hoặc các khoản doanh thu, chi phí có biến động cần làm rõ.
Đối với trường hợp hồ sơ khai thuế có sai, sót liên quan đến phạm vi, thời kỳ đã được thanh tra, kiểm tra, điểm d khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025 quy định người nộp thuế được bổ sung hồ sơ giải trình với cơ quan thuế nếu sai sót dẫn đến tăng số thuế phải nộp, giảm số thuế được miễn, giảm, hoàn, giảm số thuế được khấu trừ hoặc giảm số thuế đã nộp thừa.
Cụ thể, khoản 4 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP quy định hồ sơ giải trình trong trường hợp này phải nêu rõ nội dung điều chỉnh hồ sơ khai thuế, lý do điều chỉnh, thời kỳ điều chỉnh, số thuế điều chỉnh so với số thuế đã được xác định qua thanh tra, kiểm tra và tài liệu, chứng cứ làm cơ sở điều chỉnh. Cơ quan thuế rà soát trong phạm vi nội dung, thời kỳ đã thanh tra, kiểm tra và có văn bản thông báo chấp nhận hoặc không chấp nhận việc điều chỉnh.
Ngoài ra, trường hợp hồ sơ khai thuế thuộc điểm a, điểm b khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025 đã quá thời hạn 05 năm và phát hiện sai, sót làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được miễn, giảm, hoàn hoặc giảm số thuế GTGT được khấu trừ chuyển kỳ sau thì khoản 8 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP quy định người nộp thuế không khai bổ sung mà được bổ sung hồ sơ giải trình với cơ quan thuế.
Xem thêm: Hóa đơn bị mất doanh nghiệp cần xử lý ra sao?
3. Hướng dẫn cách giải trình với cơ quan Thuế khi quyết toán
Doanh nghiệp cần thực hiện theo trình tự phù hợp với nội dung cơ quan thuế yêu cầu.
Bước 1: Tiếp nhận và phân tích yêu cầu
Doanh nghiệp tiếp nhận yêu cầu giải trình, xác định rõ kỳ tính thuế, khoản mục, số liệu và tài liệu cần làm rõ. Đồng thời, doanh nghiệp cần kiểm tra thời hạn phải giải trình được nêu trong yêu cầu của cơ quan thuế.
Bước 2: Chuẩn bị hồ sơ giải trình
Doanh nghiệp chuẩn bị văn bản giải trình, bảng tổng hợp số liệu và các tài liệu chứng minh như hóa đơn, chứng từ kế toán, hợp đồng, chứng từ thanh toán cùng tài liệu liên quan.
Đối với trường hợp thuộc khoản 4 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, văn bản giải trình phải thể hiện đầy đủ nội dung điều chỉnh, lý do, thời kỳ, số thuế điều chỉnh so với số thuế đã được xác định qua thanh tra, kiểm tra và tài liệu, chứng cứ làm cơ sở điều chỉnh.
Bước 3: Nộp hồ sơ và theo dõi phản hồi
Doanh nghiệp nộp hồ sơ theo phương thức được cơ quan thuế yêu cầu và theo dõi việc tiếp nhận, xử lý hồ sơ. Trường hợp thuộc khoản 4 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, cơ quan thuế thực hiện rà soát và có văn bản thông báo chấp nhận hoặc không chấp nhận việc điều chỉnh.
Bước 4: Thực hiện điều chỉnh sau giải trình
Nếu hồ sơ giải trình được chấp nhận theo trường hợp pháp luật quy định, doanh nghiệp thực hiện điều chỉnh hồ sơ khai thuế theo thông báo của cơ quan thuế. Theo khoản 6 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, trường hợp khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được miễn, giảm, hoàn thì doanh nghiệp phải nộp đủ số tiền tăng thêm và tiền chậm nộp nếu có. Đối với trường hợp thuộc điểm d, điểm đ khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025, người nộp thuế còn bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế theo quy định.
Xem thêm: Sửa lỗi người nộp thuế không thuộc cơ quan Thuế quản lý mới
4. Những lưu ý quan trọng khi thực hiện giải trình với cơ quan thuế
Doanh nghiệp nên cung cấp thông tin chính xác, đầy đủ và thống nhất với hồ sơ khai thuế, sổ sách kế toán, hóa đơn và chứng từ liên quan. Theo khoản 1 Điều 20 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, người nộp thuế phải giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu đầy đủ, đúng thời hạn theo yêu cầu của cơ quan quản lý thuế.
Đối với hồ sơ khai thuế không đầy đủ, không đúng mẫu, điểm c Điều 16 Nghị định 252/2026/NĐ-CP quy định cơ quan thuế có thể đề nghị người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo quy định. Cơ quan thuế thực hiện thông báo trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận hồ sơ khai thuế trong trường hợp này.
Do đó, doanh nghiệp cần kiểm tra chính xác thời hạn được ghi trong yêu cầu giải trình hoặc thời hạn pháp luật quy định đối với từng trường hợp, thay vì áp dụng một thời hạn chung cho tất cả hồ sơ.
Ngoài ra, doanh nghiệp nên lưu giữ văn bản giải trình, tài liệu đã cung cấp và thông tin xác nhận tiếp nhận hồ sơ để thuận tiện đối chiếu trong quá trình xử lý.
5. Câu hỏi thường gặp
Giải trình với cơ quan thuế khi quyết toán cần chuẩn bị những giấy tờ gì?
Doanh nghiệp cần chuẩn bị văn bản giải trình, bảng tổng hợp số liệu, hóa đơn, chứng từ, hợp đồng, chứng từ thanh toán và các tài liệu chứng minh liên quan. Đối với trường hợp quy định tại khoản 4 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, hồ sơ phải nêu rõ nội dung điều chỉnh, lý do điều chỉnh, thời kỳ điều chỉnh, số thuế điều chỉnh so với số thuế đã được xác định qua thanh tra, kiểm tra và tài liệu, chứng cứ làm cơ sở điều chỉnh.
Thời hạn giải trình với cơ quan thuế là bao lâu?
Thời hạn giải trình phụ thuộc vào từng trường hợp cụ thể. Đối với khai bổ sung hồ sơ khai thuế, khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025 quy định thời hạn là 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót, nếu thuộc trường hợp được khai bổ sung; riêng hồ sơ đã quá 05 năm thuộc điều kiện quy định tại khoản 8 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP thì doanh nghiệp thực hiện bổ sung hồ sơ giải trình thay vì khai bổ sung hồ sơ khai thuế.
Giải trình với cơ quan thuế có bị xử phạt không?
Việc giải trình không mặc nhiên dẫn đến xử phạt. Tuy nhiên, nếu qua giải trình xác định doanh nghiệp có sai phạm về thuế thì có thể phải nộp bổ sung số thuế còn thiếu, tiền chậm nộp và chịu xử phạt theo quy định; cụ thể, điểm b khoản 6 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP quy định trường hợp khai bổ sung thuộc điểm d, điểm đ khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025 thì người nộp thuế bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế.
Giải trình với cơ quan thuế giúp doanh nghiệp bảo vệ quyền lợi và tuân thủ pháp luật hiệu quả. Để được hỗ trợ chi tiết và chuyên nghiệp, hãy liên hệ ACC Khánh Hòa ngay hôm nay để được tư vấn kịp thời.
Để lại một bình luận