Lĩnh vực y tế là ngành kinh doanh có điều kiện với những quy định khắt khe về chứng từ và chính sách thuế. Đối với một kế toán phòng khám hay bệnh viện tư nhân, việc phân tách giữa dịch vụ khám chữa bệnh (không chịu thuế GTGT) và bán thuốc, thực phẩm chức năng (chịu thuế GTGT) là một thách thức lớn. Bài viết này, ACC Khánh Hòa sẽ giúp bạn nắm vững các bút toán hạch toán kế toán dịch vụ y tế đặc thù và cách xây dựng hệ thống sổ sách chuẩn chỉnh cho đơn vị y tế.

1. Đặc điểm đặc thù của kế toán trong lĩnh vực dịch vụ y tế

Kế toán trong lĩnh vực y tế có những đặc thù riêng biệt do tính chất ngành nghề liên quan đến sức khỏe cộng đồng và các quy định nghiêm ngặt từ pháp luật. Các cơ sở y tế phải tuân thủ Luật Khám bệnh, chữa bệnh 2023 và Nghị định 96/2023/NĐ-CP quy định chi tiết, đảm bảo mọi giao dịch được ghi nhận minh bạch.

Khác biệt rõ rệt giữa bệnh viện công và tư nhân nằm ở nguồn thu: bệnh viện công chủ yếu dựa vào ngân sách nhà nước, trong khi bệnh viện tư hoạt động dựa trên doanh thu từ dịch vụ. Tại bệnh viện công, hạch toán phải tuân thủ chặt chẽ quy định từ cơ quan nhà nước, đặc biệt trong quản lý thu chi từ ngân sách và dịch vụ y tế, theo Thông tư 200/2014/TT-BTC về chế độ kế toán đặc thù cho đơn vị sự nghiệp y tế.

Bệnh viện tư linh hoạt hơn, tập trung vào thu từ khách hàng trực tiếp như khám chữa bệnh, phẫu thuật, xét nghiệm, nhưng vẫn phải hạch toán chính xác để kiểm soát lợi nhuận và thuế theo Luật Thuế giá trị gia tăng 2024. Quản lý bảo hiểm y tế và vốn đầu tư vào thiết bị cũng là yếu tố then chốt, giúp tối ưu hóa chi phí và đảm bảo tuân thủ pháp lý.

Bằng cách áp dụng hạch toán đúng đắn, các bệnh viện công và tư sẽ quản lý tài chính hiệu quả, giúp tối ưu hóa chi phí và lợi nhuận, đồng thời đảm bảo tuân thủ các quy định pháp lý liên quan.

2. Hướng dẫn hạch toán doanh thu dịch vụ y tế

Hạch toán doanh thu là bước quan trọng trong hạch toán kế toán dịch vụ y tế, giúp theo dõi dòng tiền và tuân thủ thuế. Các cơ sở y tế cần phân loại rõ ràng giữa doanh thu không chịu thuế và chịu thuế, dựa trên Luật Thuế GTGT 2024 và Nghị định 181/2025/NĐ-CP hướng dẫn thi hành.

2.1. Doanh thu từ khám chữa bệnh (Đối tượng không chịu thuế)

Doanh thu từ khám chữa bệnh, điều dưỡng, xét nghiệm, chiếu chụp y khoa thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT theo quy định tại Luật Thuế GTGT 2024. Ghi nhận vào TK 5113 (Doanh thu dịch vụ khám chữa bệnh).

Khi thu tiền, hạch toán: Nợ TK 111/112 (Tiền mặt/ngân hàng), Có TK 5113. Điều này đảm bảo minh bạch và dễ dàng quyết toán với cơ quan thuế.

2.2. Doanh thu bán thuốc và vật tư y tế kèm theo

Doanh thu bán lẻ thuốc tại phòng khám chịu thuế GTGT 5% theo danh mục quy định, trong khi thực phẩm chức năng chịu 10%, phải hạch toán riêng theo Thông tư 69/2025/TT-BTC. Sử dụng TK 511 cho doanh thu bán hàng, kết hợp xuất hóa đơn điện tử.

Ví dụ: Nợ TK 111/112, Có TK 511 (doanh thu), Có TK 3331 (thuế GTGT đầu ra). Phân tách rõ để tránh nhầm lẫn với dịch vụ y tế không chịu thuế.

>> Tham khảo thêm bài viết: Cách tra cứu giấy phép nhập khẩu thiết bị y tế – ACC Khánh Hòa

3. Cách hạch toán giá vốn và chi phí dịch vụ y tế

Hạch toán giá vốn và chi phí giúp tính toán chính xác lợi nhuận trong hạch toán kế toán dịch vụ y tế. Tập trung vào chi phí trực tiếp và gián tiếp, theo chế độ kế toán đặc thù tại Thông tư 200/2014/TT-BTC.

3.1. Quản lý và hạch toán kho dược, vật tư tiêu hao (TK 152, 156)

Quản lý kho dược là thách thức lớn, phải khớp với Hệ thống cơ sở dữ liệu dược quốc gia theo quy định pháp luật. Hạch toán vật tư y tế tiêu hao (bông, băng, kim tiêm) vào TK 152, kho dược phẩm vào TK 156.

Khi xuất kho: Nợ TK 621/632 (giá vốn), Có TK 152/156. Đảm bảo theo dõi chặt chẽ để tránh chênh lệch, tránh thanh tra nghiêm ngặt.

3.2. Hạch toán chi phí nhân công, tiền lương bác sĩ và nhân viên y tế

Chi phí nhân công bao gồm lương bác sĩ, y tá, hạch toán vào TK 622 (chi phí nhân công trực tiếp). Đối với bác sĩ thuê ngoài, nếu theo hợp đồng dịch vụ, ghi vào TK 622 hoặc 627, khấu trừ thuế TNCN 10% nếu từ 2.000.000đ/lần trở lên, theo quy định thuế hiện hành.

Ví dụ: Nợ TK 622, Có TK 334 (phải trả người lao động). Điều này giúp phân bổ chi phí hợp lý cho từng dịch vụ.

>> Tham khảo thêm bài viết: Cách tra cứu mã số thuế cá nhân mới nhất hiện nay – ACC Khánh Hòa

4. Phân bổ chi phí chung và khấu hao máy móc thiết bị y tế chuyên dụng

Phân bổ chi phí chung (TK 627) và khấu hao TSCĐ (TK 214) là cần thiết để tính giá vốn dịch vụ y tế. Máy móc y tế cũ mua từ nước ngoài được trích khấu hao nếu có tờ khai hải quan, chứng từ thanh toán và biên bản kiểm định theo quy định của Bộ Y tế, dựa trên Luật Khám bệnh, chữa bệnh 2023.

Hạch toán khấu hao: Nợ TK 627/642, Có TK 214. Phân bổ theo tỷ lệ sử dụng cho từng gói dịch vụ, đảm bảo tính chính xác.

Doanh nghiệp y tế có thể hưởng ưu đãi thuế TNDN 10% suốt đời nếu thực hiện xã hội hóa y tế theo Nghị định của Chính phủ.

>>> Xem thêm  Các nghiệp vụ liên quan đến hạch toán ủy nhiệm chi  tại đây

5. Quy định về hóa đơn điện tử và thuế GTGT trong ngành y tế

Theo Luật Thuế GTGT 2024 và Thông tư 69/2025/TT-BTC, dịch vụ y tế không chịu thuế GTGT, hóa đơn sẽ gạch chéo dòng thuế suất và tiền thuế. Từ năm 2026, phòng khám bắt buộc xuất hóa đơn điện tử từ máy tính tiền ngay khi thanh toán, kể cả khách lẻ, để đồng bộ dữ liệu với cơ quan thuế.

Bảng phân loại đối tượng chịu thuế GTGT trong y tế:

Danh sách các tài khoản kế toán trọng yếu:

• TK 152: Vật tư y tế tiêu hao (bông, băng, kim tiêm…).
• TK 156: Kho dược phẩm, thuốc điều trị.
• TK 5113: Doanh thu dịch vụ khám chữa bệnh.
• TK 621, 622, 627: Tập hợp chi phí trực tiếp tạo nên dịch vụ y tế.

6. Hồ sơ kế toán cần thiết để quyết toán thuế tại phòng khám

Hồ sơ kế toán bao gồm sổ sách, chứng từ gốc, hóa đơn điện tử và báo cáo liên thông dữ liệu dược. Đảm bảo khớp với Hệ thống cơ sở dữ liệu dược quốc gia để tránh chênh lệch bị thanh tra, theo Nghị định 96/2023/NĐ-CP.

Quy trình Hạch toán Kế toán trong Dịch vụ Y tế

Để thực hiện hạch toán kế toán dịch vụ y tế một cách chính xác và hiệu quả, doanh nghiệp cần thực hiện đầy đủ các bước sau:

Bước 1: Ghi nhận dịch vụ y tế cung cấp

Kế toán bắt đầu bằng việc ghi nhận các dịch vụ y tế đã được cung cấp. Điều này bao gồm việc xác định loại dịch vụ y tế đã thực hiện, thời gian thăm khám hoặc điều trị, danh sách bệnh nhân hoặc khách hàng sử dụng dịch vụ.

Bước 2: Ghi nhận doanh thu thu thập

Sau khi dịch vụ đã được cung cấp, kế toán ghi nhận các khoản thu từ bệnh nhân hoặc bảo hiểm y tế. Việc này đảm bảo rằng các khoản thu được chính xác và kịp thời.

Bước 3: Quản lý công nợ

Kế toán cần theo dõi chặt chẽ công nợ từ bệnh nhân hoặc bảo hiểm y tế, đảm bảo các khoản nợ này được thanh toán đầy đủ và đúng hạn. Việc theo dõi này giúp công ty duy trì dòng tiền ổn định.

Bước 4: Xử lý chi phí

Kế toán sẽ ghi nhận và theo dõi các chi phí liên quan đến việc cung cấp dịch vụ y tế, bao gồm chi phí nhân sự (lương bác sĩ, nhân viên), chi phí mua sắm thiết bị y tế và các chi phí vận hành khác.

Bước 5: Kiểm tra thuế và phân loại thuế

Cuối cùng, kế toán cần rà soát các yêu cầu thuế áp dụng cho dịch vụ y tế, kiểm tra và phân loại các khoản thuế liên quan đến thu nhập và chi phí. Điều này giúp đảm bảo doanh nghiệp tuân thủ đầy đủ các nghĩa vụ thuế và ghi nhận chính xác các khoản thuế trong báo cáo tài chính.

Quy trình này giúp công ty quản lý tài chính hiệu quả, bảo đảm tính chính xác trong hạch toán và thực hiện đúng các quy định pháp lý.

>>> Xem thêm  Cách hạch toán chi phí nghỉ mát cho nhân viên  tại đây

Câu hỏi thường gặp

Phí dịch vụ y tế có được xuất hóa đơn 0% không?

Không. Dịch vụ y tế thuộc nhóm “Không chịu thuế”, không phải thuế suất 0%. Khi xuất hóa đơn, dòng thuế suất và tiền thuế GTGT sẽ gạch chéo.

Chi phí thuê bác sĩ ngoài giờ hạch toán thế nào?

Nếu thuê theo hợp đồng dịch vụ, bạn hạch toán vào TK 622 hoặc 627. Lưu ý khấu trừ thuế TNCN 10% trước khi chi trả nếu số tiền từ 2.000.000đ/lần trở lên.

Máy móc y tế cũ mua từ nước ngoài có được trích khấu hao không?

Có, nếu có đầy đủ tờ khai hải quan, chứng từ thanh toán và biên bản kiểm định chất lượng thiết bị y tế theo quy định của Bộ Y tế.

Khi nào thì cần phân bổ chi phí dụng cụ y tế cho các gói dịch vụ?

Chi phí dụng cụ y tế cần phân bổ cho các gói dịch vụ khi những dụng cụ này được sử dụng trực tiếp cho việc thực hiện dịch vụ y tế cho bệnh nhân. Tài khoản sử dụng để phân bổ là tài khoản 153 (Dụng cụ, vật tư).

Các chi phí khác liên quan đến dịch vụ y tế được hạch toán như thế nào?

Các chi phí phát sinh khác trong quá trình cung cấp dịch vụ y tế (ví dụ: chi phí hành chính, nhân công) sẽ được hạch toán vào tài khoản 111 (Tiền mặt) hoặc các tài khoản chi phí tương ứng, tùy theo từng tình huống cụ thể.

Việc hạch toán kế toán trong dịch vụ y tế đóng vai trò rất quan trọng đối với sự phát triển bền vững của các cơ sở y tế. Bằng cách áp dụng các phương pháp hạch toán chính xác theo quy định của pháp luật, các cơ sở y tế sẽ có khả năng quản lý tài chính hiệu quả, tối ưu hóa chi phí và lợi nhuận, đồng thời đảm bảo tuân thủ đầy đủ các nghĩa vụ thuế. Liên hệ ngay với  ACC Khánh Hòa  để nhận được tư vấn nhanh chóng về các thủ tục pháp lý.