Trong hoạt động xuất nhập khẩu, chi phí dịch vụ hải quan và các loại phí logistics thường rất đa dạng với nhiều loại chứng từ khác nhau. Việc phân loại đâu là chi phí được trừ, đâu là khoản chi hộ và cách hạch toán phí dịch vụ hải quan vào tài khoản nào cho đúng quy định là bài toán quan trọng để bảo vệ số liệu trước cơ quan Thuế. Trong bài viết này,  ACC Khánh Hòa  sẽ cùng bạn bóc tách từng nghiệp vụ hạch toán phí dịch vụ hải quan mới nhất hiện nay.

1. Phí dịch vụ hải quan gồm những loại nào?

Phí dịch vụ hải quan bao gồm các khoản chi phí phát sinh từ thủ tục thông quan hàng hóa xuất nhập khẩu, theo quy định tại Luật Hải quan 2014 và Nghị định 08/2015/NĐ-CP (sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 59/2018/NĐ-CP).

Các loại phí chính thường gặp bao gồm: phí khai báo hải quan (trả cho đại lý), lệ phí hải quan nộp cho Nhà nước (theo Thông tư 38/2015/TT-BTC sửa đổi bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC), phí kiểm hóa nếu có kiểm tra thực tế hàng hóa, phí lưu kho bãi (Dem/Det) do chậm thông quan, và phí THC (Terminal Handling Charge) liên quan đến xử lý hàng tại cảng.

Ngoài ra, có thể phát sinh phí vận chuyển nội địa hoặc các khoản chi hộ từ forwarder như phí nâng hạ, phí xử lý chứng từ.

Doanh nghiệp cần phân biệt rõ để hạch toán phí dịch vụ hải quan đúng, tránh nhầm lẫn với thuế xuất nhập khẩu theo Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016.

2. Nguyên tắc hạch toán chi phí hải quan theo quy định

Nguyên tắc hạch toán phí dịch vụ hải quan tuân thủ Thông tư 200/2014/TT-BTC hướng dẫn chế độ kế toán doanh nghiệp, kết hợp với quy định thủ tục hải quan tại Nghị định 08/2015/NĐ-CP và Thông tư 38/2015/TT-BTC (sửa đổi).

Chi phí hải quan phải được ghi nhận dựa trên chứng từ hợp lệ, phân loại theo bản chất: chi phí trực tiếp vào nguyên giá hàng hóa (nếu phát sinh trước khi nhập kho) hoặc chi phí quản lý/quản lý kinh doanh (nếu phát sinh sau).

Thuế GTGT đầu vào từ phí dịch vụ có thể khấu trừ nếu có hóa đơn GTGT hợp lệ, theo Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016.

Đặc biệt, từ năm 2026, hạch toán hóa đơn điện tử từ máy tính tiền là bắt buộc; các phí lẻ tại cảng không có hóa đơn điện tử sẽ bị loại khỏi chi phí hợp lý.

Hạch toán tự động từ hệ thống VNACCS sẽ phổ biến hơn, kế toán cần kiểm tra khớp dữ liệu giữa tờ khai và thanh toán thực tế qua mã số thuế.

>> Tham khảo thêm bài viết: Cách tra cứu thông tin đăng ký thuế mới nhất – ACC Khánh Hòa

3. Hướng dẫn hạch toán phí dịch vụ hải quan chi tiết

3.1. Trường hợp doanh nghiệp tự thực hiện thủ tục (Lệ phí hải quan)

Khi doanh nghiệp tự khai báo hải quan, lệ phí Nhà nước (thường 20.000đ/tờ khai) được hạch toán vào chi phí quản lý.

Bước 1: Nhận biên lai nộp lệ phí từ hệ thống VNACCS.

Bước 2: Ghi nhận: Nợ TK 642 (Chi phí quản lý doanh nghiệp) / Có TK 111, 112 (Tiền mặt hoặc ngân hàng).

Khoản này không phân bổ vào giá vốn hàng mua do giá trị nhỏ, theo Thông tư 200/2014/TT-BTC.

3.2. Trường hợp thuê đại lý làm dịch vụ hải quan (Phí dịch vụ)

Khi thuê đại lý, phí dịch vụ được hạch toán vào nguyên giá nếu liên quan trực tiếp đến hàng nhập.

Bước 1: Nhận hóa đơn GTGT từ đại lý.

Bước 2: Ghi nhận: Nợ TK 156 (Hàng hóa) hoặc TK 152 (Nguyên vật liệu) / Nợ TK 1331 (Thuế GTGT đầu vào) / Có TK 331 (Phải trả người bán).

Bước 3: Thanh toán: Nợ TK 331 / Có TK 111, 112.

Theo Thông tư 38/2015/TT-BTC (sửa đổi), phí này phải dựa trên hợp đồng dịch vụ.

3.3. Xử lý các khoản chi hộ, thu hộ từ đơn vị Forwarder

Các khoản chi hộ (như phí THC, phí lưu kho) từ forwarder được xử lý riêng, không ghi nhận doanh thu/chi phí nếu có biên lai gốc.

Bước 1: Nhận debit note và biên lai chi tiết từ forwarder.

Bước 2: Ghi nhận tạm: Nợ TK 138 (Phải thu khác) hoặc TK 331 / Có TK 111, 112.

Bước 3: Khi forwarder hoàn lại: Nợ TK 111, 112 / Có TK 138.

Đối với phí dịch vụ hải quan của nhà thầu nước ngoài (không cư trú), khấu trừ thuế GTGT phải theo quy định thuế nhà thầu, cập nhật năm 2026.

>> Tham khảo thêm bài viết: Cách đăng ký nộp thuế điện tử qua ngân hàng chuẩn – ACC Khánh Hòa

4. Cách hạch toán phí hải quan vào nguyên giá hàng nhập khẩu

Phí hải quan trực tiếp liên quan đến nhập khẩu (như phí khai báo, phí nâng hạ trước khi về kho) được cộng vào nguyên giá theo Thông tư 200/2014/TT-BTC.

Khi nhận chứng từ: Nợ TK 156 (Hàng hóa nhập khẩu) / Nợ TK 1331 (Thuế GTGT) / Có TK 331.

Sau đó, phân bổ vào giá vốn khi xuất kho.

Phí phát sinh sau nhập kho (như phí lưu kho muộn) chuyển sang TK 641 (Chi phí bán hàng) hoặc TK 642.

>> Tham khảo thêm bài viết: Thủ tục xin giấy phép nhập khẩu đường tinh luyện – ACC Khánh Hòa

5. Hồ sơ, chứng từ cần thiết để phí hải quan là chi phí hợp lệ

Để phí hải quan được chấp nhận là chi phí hợp lý, doanh nghiệp cần đầy đủ hồ sơ theo Nghị định 08/2015/NĐ-CP và Thông tư 38/2015/TT-BTC.

• Hóa đơn GTGT dịch vụ hải quan (E-Invoice).
• Biên lai nộp lệ phí hải quan (trích từ hệ thống VNACCS).
• Thông báo nộp thuế và chứng từ nộp thuế điện tử.
• Hợp đồng dịch vụ logistics/ủy thác xuất nhập khẩu.
• Bảng kê chi tiết các loại phí (Debit Note).

Từ năm 2026, dữ liệu lệ phí sẽ đẩy tự động từ hệ thống Hải quan sang phần mềm kế toán, yêu cầu kiểm tra khớp số liệu.

6. Những sai sót phổ biến khi hạch toán chi phí logistics

Sai sót thường gặp bao gồm nhầm lẫn phí chi hộ với chi phí thực, thiếu hóa đơn GTGT dẫn đến không khấu trừ thuế, hoặc hạch toán sai tài khoản (ví dụ: đưa phí trực tiếp vào TK 642 thay vì TK 156).

Một lỗi khác là không cập nhật dữ liệu tự động từ VNACCS, gây lệch số liệu.

Doanh nghiệp nên kiểm tra định kỳ để tránh rủi ro thanh tra thuế theo quy định mới nhất.

Câu hỏi thường gặp

Lệ phí hải quan 20.000đ/tờ khai hạch toán vào đâu?

Lệ phí hải quan 20.000đ/tờ khai (theo Thông tư 14/2021/TT-BTC) thường được hạch toán vào chi phí quản lý doanh nghiệp (TK 642) hoặc chi phí bán hàng (TK 641). Đây là khoản chi phí bắt buộc khi làm thủ tục xuất nhập khẩu, ghi nhận nợ TK 642/641 và có TK 111/112/3339.

Phí dịch vụ hải quan trả thay cho nhà cung cấp nước ngoài xử lý thế nào?

Nếu hạch toán chi hộ, bạn sử dụng TK 138 (Phải thu khác) và không ghi nhận doanh thu/chi phí cho khoản này nếu có đủ biên lai mang tên nhà cung cấp.

Phí lưu kho (Storage) phát sinh sau khi hàng đã về kho có tính vào giá vốn không?

Không. Chi phí phát sinh sau khi hàng đã nhập kho được đưa vào chi phí bán hàng (TK 641) hoặc chi phí quản lý (TK 642).

Phí dịch vụ hải quan có chịu thuế GTGT không?

Có. Theo Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016, dịch vụ khai báo hải quan chịu thuế GTGT 10%. Doanh nghiệp có thể khấu trừ nếu có hóa đơn hợp lệ theo Thông tư 38/2015/TT-BTC (sửa đổi).

Nếu phí dịch vụ hải quan không có hóa đơn thì có được hạch toán không?

Không. Theo Thông tư 38/2015/TT-BTC (sửa đổi bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC), doanh nghiệp chỉ được ghi nhận chi phí nếu có hóa đơn hợp lệ.

Việc hạch toán phí dịch vụ hải quan  đóng vai trò rất quan trọng đối với sự phát triển bền vững của các doanh nghiệp. Bằng cách áp dụng các phương pháp hạch toán chính xác theo quy định của pháp luật, các doanh nghiệp sẽ có khả năng quản lý tài chính hiệu quả, tối ưu hóa chi phí và lợi nhuận, đồng thời đảm bảo tuân thủ đầy đủ các nghĩa vụ thuế. Liên hệ ngay với  ACC Khánh Hòa  để nhận được tư vấn nhanh chóng về các thủ tục pháp lý.