Kế toán tại các phòng khám tư nhân luôn đối mặt với những thách thức khác biệt: Làm sao để tách biệt doanh thu khám bệnh (không chịu thuế) và doanh thu bán thuốc? Cách quản lý hàng nghìn danh mục vật tư tiêu hao, hóa chất xét nghiệm sao cho không thất thoát? Nếu không nắm vững các thông tư đặc thù của ngành y tế, doanh nghiệp rất dễ bị truy thu thuế khi quyết toán. Bài viết này của  ACC Khánh Hòa  sẽ là "cẩm nang vàng" giúp bạn làm chủ mọi nghiệp vụ kế toán cho phòng khám tư nhân.

1. Đặc điểm đặc thù của kế toán trong phòng khám tư nhân

Kế toán cho phòng khám tư nhân đòi hỏi sự am hiểu sâu sắc về ngành y tế, nơi doanh thu và chi phí thường liên quan đến các quy định đặc thù về sức khỏe cộng đồng.

Khác với các doanh nghiệp thông thường, phòng khám phải tách biệt rõ ràng giữa dịch vụ khám chữa bệnh (không chịu thuế GTGT theo Luật Thuế giá trị gia tăng 2024) và các hoạt động kinh doanh khác như bán thuốc hoặc dịch vụ thẩm mỹ. Ngoài ra, theo Thông tư 36/2024/TT-BYT, nếu phòng khám cung cấp dịch vụ khám sức khỏe cho người lái xe, kế toán cần theo dõi riêng các tiêu chuẩn và chứng từ liên quan để đảm bảo tuân thủ.

Việc quản lý kho dược phẩm và vật tư y tế cũng phức tạp hơn do yêu cầu theo dõi hạn sử dụng, lô sản xuất và liên thông dữ liệu quốc gia theo quy định mới nhất của Bộ Y tế.

Hơn nữa, dòng tiền ở phòng khám thường biến động do phụ thuộc vào bệnh nhân cá nhân, bảo hiểm y tế và các khoản thanh toán chậm. Kế toán phải sử dụng phần mềm chuyên dụng để theo dõi công nợ, tránh thất thoát từ các khoản thu không rõ nguồn gốc.

2. Các nghiệp vụ kế toán phòng khám quan trọng nhất

Nghiệp vụ kế toán cho phòng khám tư nhân tập trung vào việc ghi nhận chính xác doanh thu, chi phí và tuân thủ báo cáo tài chính. Dưới đây là các khâu cốt lõi cần thực hiện hàng ngày.

2.1. Hạch toán doanh thu dịch vụ khám chữa bệnh (Đối tượng không chịu thuế GTGT)

Doanh thu từ khám chữa bệnh được hạch toán theo Thông tư 69/2025/TT-BTC quy định chi tiết Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Kế toán cần ghi nhận doanh thu ngay khi dịch vụ hoàn thành, dựa trên hệ thống quản lý bệnh nhân (HIS), bao gồm phí khám, tư vấn, xét nghiệm và chẩn đoán hình ảnh. Đối với các khoản thu từ bảo hiểm y tế, phải đối chiếu với dữ liệu từ cơ quan bảo hiểm để tránh sai sót.

Bước 1: Thu thập dữ liệu từ HIS, phân loại doanh thu theo loại dịch vụ (khám thông thường, chuyên sâu).

Bước 2: Ghi nhận vào sổ sách kế toán, sử dụng tài khoản 511 (Doanh thu bán hàng và cung cấp dịch vụ), nhưng không tính thuế GTGT.

Bước 3: Lập báo cáo hàng tháng để kê khai vào tờ khai thuế GTGT, mục "Hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế".

2.2. Quản lý kho dược, vật tư y tế và hóa chất xét nghiệm

Quản lý kho là thách thức lớn trong kế toán cho phòng khám tư nhân, với hàng nghìn mặt hàng cần theo dõi theo lô và hạn sử dụng. Theo quy định mới, 100% phòng khám phải liên thông dữ liệu bán thuốc và sử dụng thuốc lên hệ thống quản lý của Bộ Y tế, giúp kế toán đối soát số liệu kho với báo cáo thuế để đảm bảo nhất quán.

Các khoản chi phí cần quản lý chặt chẽ:

• Vật tư tiêu hao: Bông, băng, cồn, gạc, kim tiêm… (Cần có bảng định mức cho từng loại ca khám/thủ thuật).
• Thuốc điều trị: Quản lý theo lô, hạn sử dụng và khớp với đơn thuốc xuất cho bệnh nhân.
• Chi phí máy móc: Khấu hao các thiết bị đắt tiền như máy siêu âm, máy xét nghiệm, X-quang.
• Hợp đồng nhân sự: Lưu ý các chứng chỉ hành nghề của bác sĩ để chi phí lương được tính là hợp lệ.

Sử dụng phần mềm kế toán phòng khám tốt nhất để tự động hóa nhập xuất kho, giảm thiểu thất thoát.

2.3. Theo dõi chi phí nhân công (Bác sĩ, điều dưỡng, kỹ thuật viên)

Chi phí nhân công chiếm tỷ lệ lớn, bao gồm lương cố định và các khoản ngoài giờ. Kế toán phải tuân thủ chuẩn mực kế toán theo Thông tư 200 hoặc 133 tùy quy mô, ghi nhận chi phí vào tài khoản 642 (Chi phí quản lý doanh nghiệp).

Theo dõi hàng tháng để đảm bảo khấu trừ thuế TNCN đúng quy định, đặc biệt với hợp đồng thời vụ.

Xem thêm: Sơ đồ quy trình kế toán bán hàng chuẩn

3. Cách xây dựng định mức chi phí cho từng gói dịch vụ y tế

Xây dựng định mức chi phí giúp phòng khám kiểm soát lợi nhuận và định giá dịch vụ hợp lý. Bắt đầu bằng việc phân tích chi phí trực tiếp (vật tư, thuốc) và gián tiếp (nhân công, khấu hao).

Bước 1: Lập bảng định mức cho từng gói dịch vụ, ví dụ: Gói khám tổng quát cần 5ml cồn, 2 cuộn bông, thời gian bác sĩ 30 phút.

Bước 2: Tính toán chi phí trung bình dựa trên dữ liệu lịch sử, điều chỉnh theo lạm phát và quy định ngành y tế.

Bước 3: Theo dõi biến động và cập nhật định mức hàng quý, sử dụng phần mềm để dự báo chi phí.

Định mức phải phù hợp với các hướng dẫn về quản lý tài sản nếu phòng khám liên kết với bệnh viện công lập.

Xem thêm: Hướng dẫn cách phân bổ chi phí bán hàng

4. Chính sách thuế và ưu đãi đối với lĩnh vực y tế tư nhân

Chính sách thuế cho y tế tư nhân được cập nhật theo luật mới, mang lại nhiều ưu đãi để khuyến khích xã hội hóa y tế.

4.1. Quy định về hóa đơn điện tử trong hoạt động khám chữa bệnh

Theo lộ trình 2026, phòng khám phải xuất hóa đơn điện tử ngay khi kết thúc ca khám cho bệnh nhân, khởi tạo từ máy tính tiền để đảm bảo minh bạch doanh thu. Điều này tuân thủ Thông tư 69/2025/TT-BTC và các quy định liên quan đến hóa đơn điện tử. Kế toán cần đào tạo nhân viên sử dụng hệ thống để tránh lỗi.

4.2. Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) cho cơ sở xã hội hóa y tế

Doanh nghiệp y tế đáp ứng tiêu chuẩn xã hội hóa có thể hưởng mức thuế suất ưu đãi 10% suốt đời, theo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 và Thông tư 20/2026/TT-BTC hướng dẫn. Kế toán phải chuẩn bị hồ sơ chứng minh điều kiện ưu đãi khi quyết toán.

5. Bộ hồ sơ chứng từ cần thiết để bảo vệ chi phí phòng khám

Để bảo vệ chi phí hợp lý khi kiểm toán, kế toán cần lưu trữ đầy đủ:

• Hóa đơn mua vào vật tư y tế, kèm biên bản kiểm kê.
• Hợp đồng lao động và chứng chỉ hành nghề của nhân viên.
• Biên bản xuất nhập kho thuốc, đặc biệt với dữ liệu liên thông quốc gia.
• Báo cáo khấu hao thiết bị y tế theo chuẩn mực kế toán.

Tất cả chứng từ phải được số hóa và lưu trữ ít nhất 10 năm.

6. Những lỗi sai thường gặp khi quyết toán thuế phòng khám và cách tránh

Lỗi phổ biến bao gồm ghi nhận sai doanh thu không chịu thuế, thiếu liên thông dữ liệu kho dẫn đến thất thoát, hoặc không khấu trừ TNCN đúng hạn. Để tránh:

• Đào tạo định kỳ về luật mới như Luật Thuế GTGT 2024.
• Sử dụng phần mềm tích hợp thuế và y tế.
• Kiểm tra chéo hàng tháng giữa kế toán và quản lý kho.

7. Câu hỏi thường gặp

Phòng khám chỉ có dịch vụ khám bệnh thì có phải kê khai thuế GTGT hàng tháng không?

Có. Dù thuộc đối tượng không chịu thuế, bạn vẫn phải nộp tờ khai thuế GTGT và ghi doanh thu vào mục "Hàng hóa dịch vụ không chịu thuế" theo Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 và Thông tư 69/2025/TT-BTC.

Chi phí thuê bác sĩ ngoài giờ hạch toán như thế nào?

Bạn cần ký hợp đồng lao động thời vụ hoặc hợp đồng khoán việc. Lưu ý khấu trừ 10% thuế TNCN trước khi chi trả nếu mức chi trả từ 2 triệu đồng trở lên, theo quy định thuế hiện hành.

Làm sao để xử lý thuốc hết hạn trong kho?

Kế toán cần lập hội đồng tiêu hủy, biên bản kiểm kê và quyết định tiêu hủy để được tính vào chi phí hợp lý khi tính thuế TNDN, theo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025.

Phòng khám tư nhân cần nộp những loại thuế nào?

Theo quy định pháp luật, phòng khám tư nhân thường phải nộp: Thuế giá trị gia tăng (GTGT) theo Luật 2024; Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) theo Luật 2025; Thuế thu nhập cá nhân (TNCN) cho nhân viên.

Phòng khám có cần lập hóa đơn điện tử không?

Có. Theo lộ trình 2026 và Thông tư 69/2025/TT-BTC, tất cả phòng khám tư nhân phải sử dụng hóa đơn điện tử từ khi kết thúc dịch vụ.

Hy vọng bài viết Một số trường hợp kế toán cho phòng khám tư nhân thường gặp đã cung cấp những thông tin hữu ích cho người đọc. Nếu bạn còn bất kỳ thắc mắc nào hoặc cần thêm sự hỗ trợ, đừng ngần ngại liên hệ với ACC Khánh Hòa để được tư vấn và hỗ trợ một cách nhanh chóng, chuyên nghiệp.