Thuế nhập khẩu thực phẩm chức năng là một trong những yếu tố quan trọng mà doanh nghiệp cần nắm rõ khi đưa sản phẩm từ nước ngoài về Việt Nam, giúp đảm bảo tuân thủ pháp luật và tối ưu hóa chi phí kinh doanh. Với sự gia tăng nhu cầu về các sản phẩm hỗ trợ sức khỏe, việc hiểu rõ quy định về thuế này không chỉ tránh rủi ro pháp lý mà còn hỗ trợ doanh nghiệp phát triển bền vững. Cùng ACC Khánh Hòa khám phá sâu hơn.

1. Thuế nhập khẩu thực phẩm chức năng theo quy định

Theo Luật Thuế xuất khẩu, nhập khẩu 2016, thuế nhập khẩu thực phẩm chức năng được áp dụng đối với các sản phẩm được phân loại là thực phẩm bảo vệ sức khỏe, nhằm bảo vệ sức khỏe cộng đồng và kiểm soát chất lượng hàng hóa. Thực phẩm chức năng bao gồm các loại như vitamin, khoáng chất bổ sung hoặc sản phẩm hỗ trợ dinh dưỡng, phải chịu mức thuế suất cụ thể dựa trên mã HS (Harmonized System) tương ứng, thường dao động từ 0% đến 20% tùy theo nguồn gốc và loại sản phẩm.

Ví dụ, các sản phẩm từ các nước có hiệp định thương mại tự do như CPTPP hoặc EVFTA có thể được hưởng ưu đãi thuế suất thấp hơn, giúp giảm gánh nặng tài chính cho nhà nhập khẩu. Quy định này được bổ sung bởi Luật An toàn thực phẩm 2010, yêu cầu sản phẩm phải được kiểm tra an toàn trước khi thông quan, đảm bảo không vi phạm các tiêu chuẩn vệ sinh. Doanh nghiệp cần đăng ký mã số thuế và nộp hồ sơ hải quan đầy đủ để tránh phạt hành chính hoặc hàng hóa bị tạm giữ.

Hơn nữa, Nghị định 26/2023/NĐ-CP quy định chi tiết về quản lý an toàn thực phẩm nhập khẩu, nhấn mạnh rằng thuế nhập khẩu thực phẩm chức năng chỉ được hoàn tất sau khi sản phẩm vượt qua kiểm dịch. Việc tuân thủ giúp doanh nghiệp tránh các rủi ro như thu hồi sản phẩm hoặc đình chỉ kinh doanh, đồng thời tận dụng các chính sách hỗ trợ từ nhà nước.

2. Mức thuế suất và các yếu tố ảnh hưởng đến thuế nhập khẩu thực phẩm chức năng

Mức thuế suất cho thuế nhập khẩu thực phẩm chức năng được xác định dựa trên Biểu thuế nhập khẩu ban hành kèm theo Luật Thuế xuất khẩu, nhập khẩu 2016, với các mức phổ biến từ 5% đến 15% đối với hầu hết các loại thực phẩm chức năng thông thường. Các yếu tố ảnh hưởng bao gồm nguồn gốc xuất xứ, chẳng hạn như sản phẩm từ EU hoặc Mỹ có thể được giảm thuế nhờ các hiệp định thương mại, trong khi hàng từ các nước không có thỏa thuận sẽ chịu mức cao hơn.

Thông tư 05/2018/TT-BYT quy định thêm về phân loại sản phẩm, phân biệt thực phẩm chức năng với dược phẩm để áp dụng đúng thuế suất, tránh nhầm lẫn dẫn đến truy thu thuế. Doanh nghiệp cần kiểm tra mã HS chính xác, ví dụ mã 2106.90 cho các sản phẩm bổ sung dinh dưỡng, để tính toán chính xác chi phí. Ngoài ra, thuế giá trị gia tăng (VAT) 10% sẽ được cộng thêm vào giá trị hải quan, làm tăng tổng chi phí nhập khẩu. Việc áp dụng đúng các quy định này không chỉ giúp tối ưu hóa ngân sách mà còn đảm bảo tính minh bạch trong báo cáo tài chính, tránh các tranh chấp với cơ quan thuế sau này.

>> Đọc thêm: Dịch vụ khai báo hải quan tại Khánh Hòa trọn gói

3. Thủ tục nộp thuế và hồ sơ cần chuẩn bị cho thuế nhập khẩu thực phẩm chức năng

Để thực hiện thuế nhập khẩu thực phẩm chức năng, doanh nghiệp phải tuân thủ quy trình thông quan theo Luật Thuế xuất khẩu, nhập khẩu 2016, bắt đầu từ việc khai báo hải quan điện tử qua hệ thống VNACCS. Hồ sơ cần chuẩn bị bao gồm:

• Hóa đơn thương mại (Commercial Invoice) chứng minh giá trị hàng hóa.
• Vận đơn (Bill of Lading) hoặc chứng từ vận chuyển.
• Giấy chứng nhận xuất xứ (Certificate of Origin) để hưởng ưu đãi thuế.
• Giấy chứng nhận kiểm dịch và an toàn thực phẩm theo Nghị định 26/2023/NĐ-CP.
• Đăng ký lưu hành sản phẩm với Cục An toàn thực phẩm theo Luật An toàn thực phẩm 2010 và Thông tư 05/2018/TT-BYT.

Quy trình nộp thuế được thực hiện như sau:

Bước 1: Khai báo hải quan và phân loại hàng hóa

Doanh nghiệp nộp tờ khai hải quan trực tuyến, mô tả chi tiết sản phẩm thực phẩm chức năng để cơ quan hải quan phân loại mã HS và xác định thuế suất. Việc này cần kèm theo các chứng từ an toàn thực phẩm để tránh trì hoãn thông quan, thường mất từ 1-3 ngày nếu hồ sơ đầy đủ. Theo quy định, nếu sản phẩm không đạt chuẩn an toàn, sẽ bị từ chối nhập khẩu ngay tại bước này.

Bước 2: Nộp thuế và phí liên quan

Sau khi hải quan xác nhận, doanh nghiệp nộp thuế nhập khẩu thực phẩm chức năng cùng VAT qua tài khoản ngân hàng hoặc trực tiếp tại chi cục hải quan. Mức phí kiểm tra an toàn có thể thêm 0,5-1% giá trị hàng hóa theo Nghị định 26/2023/NĐ-CP. Quy trình này đảm bảo tính chính xác, và doanh nghiệp có thể yêu cầu hoàn thuế nếu chứng minh được ưu đãi thương mại. Thời gian nộp thường trong vòng 30 ngày kể từ ngày thông quan để tránh phạt lãi chậm nộp.

Bước 3: Kiểm tra sau thông quan và lưu trữ hồ sơ

Sau khi nhận hàng, doanh nghiệp phải lưu trữ hồ sơ ít nhất 5 năm theo Luật Thuế xuất khẩu, nhập khẩu 2016, sẵn sàng cho kiểm tra đột xuất từ cơ quan thuế hoặc an toàn thực phẩm. Nếu phát hiện sai sót, có thể điều chỉnh khai báo trong vòng 60 ngày. Việc này giúp doanh nghiệp duy trì uy tín và tránh các khoản phạt lên đến 20% giá trị hàng hóa vi phạm.

>> Đọc thêm: Dịch vụ xin giấy phép nhập khẩu tại Khánh Hòa

4. Lợi ích và rủi ro khi tuân thủ quy định thuế nhập khẩu thực phẩm chức năng

Việc tuân thủ thuế nhập khẩu thực phẩm chức năng mang lại nhiều lợi ích, như tiếp cận thị trường rộng lớn tại Việt Nam với nhu cầu thực phẩm chức năng tăng 15-20% hàng năm theo các báo cáo ngành. Doanh nghiệp có thể tận dụng các chương trình hỗ trợ từ Luật An toàn thực phẩm 2010, như ưu tiên thông quan nhanh cho sản phẩm đạt chuẩn, giúp giảm thời gian lưu kho và chi phí logistics.

Hơn nữa, việc nộp thuế đúng hạn theo Luật Thuế xuất khẩu, nhập khẩu 2016 giúp xây dựng hồ sơ tín dụng tốt, dễ dàng vay vốn ngân hàng cho các lô hàng tiếp theo. Tuy nhiên, rủi ro lớn nhất là không đăng ký lưu hành sản phẩm theo Thông tư 05/2018/TT-BYT, dẫn đến hàng hóa bị tịch thu và phạt tiền từ 50-100 triệu đồng theo Nghị định 26/2023/NĐ-CP.

Các rủi ro khác bao gồm biến động tỷ giá ngoại tệ ảnh hưởng đến chi phí thuế, hoặc sai sót phân loại HS dẫn đến truy thu. Doanh nghiệp nên hợp tác với đơn vị tư vấn để giảm thiểu, đảm bảo hoạt động kinh doanh suôn sẻ và bền vững.

5. Câu hỏi thường gặp

Thuế nhập khẩu thực phẩm chức năng là bao nhiêu phần trăm?

Mức thuế suất cho thuế nhập khẩu thực phẩm chức năng thường từ 5% đến 15% theo Luật Thuế xuất khẩu, nhập khẩu 2016, tùy thuộc vào mã HS và nguồn gốc hàng hóa. Sản phẩm từ các nước có hiệp định thương mại tự do có thể được giảm xuống 0%.

Cần giấy tờ gì để nhập khẩu thực phẩm chức năng?

Hồ sơ nhập khẩu bao gồm hóa đơn thương mại, vận đơn, giấy chứng nhận xuất xứ và đăng ký lưu hành sản phẩm theo Thông tư 05/2018/TT-BYT. Theo Nghị định 26/2023/NĐ-CP, phải có giấy kiểm dịch an toàn thực phẩm từ cơ quan có thẩm quyền. Doanh nghiệp nộp qua hệ thống hải quan điện tử để thông quan nhanh chóng.

Làm thế nào để giảm thuế nhập khẩu thực phẩm chức năng?

Để giảm thuế nhập khẩu thực phẩm chức năng, doanh nghiệp tận dụng ưu đãi từ hiệp định thương mại theo Luật Thuế xuất khẩu, nhập khẩu 2016, bằng cách cung cấp giấy chứng nhận xuất xứ. Đăng ký sản phẩm sớm theo Luật An toàn thực phẩm 2010 giúp tránh phí kiểm tra bổ sung.

Thuế nhập khẩu thực phẩm chức năng đòi hỏi sự am hiểu sâu sắc về quy định pháp luật để doanh nghiệp tránh rủi ro và tối ưu hóa lợi ích kinh doanh. Việc tuân thủ không chỉ đảm bảo an toàn sản phẩm mà còn góp phần vào sự phát triển của ngành thực phẩm chức năng tại Việt Nam. Nếu bạn đang gặp khó khăn trong thủ tục, hãy liên hệ ACC Khánh Hòa để nhận tư vấn chuyên sâu và hỗ trợ toàn diện. Đừng chần chừ, hành động ngay hôm nay để kinh doanh hiệu quả hơn.