Ngành Logistics được ví như “mạch máu” của nền kinh tế, nhưng đối với người làm nghề, kế toán công ty Logistics lại là một “ma trận” với hàng loạt loại phí không tên, các hóa đơn cước tàu ngoại tệ và đặc biệt là các khoản chi hộ – thu hộ đầy rủi ro pháp lý. Làm sao để tập hợp giá thành chính xác? Hạch toán kế toán công ty logistics như thế nào? Bài viết này của ACC Khánh Hòa sẽ là cuốn cẩm nang toàn diện dành cho bạn.

1. Đặc thù của kế toán trong doanh nghiệp Logistics

Kế toán trong công ty logistics không chỉ ghi chép các hoạt động kinh tế thông thường mà còn phản ánh đặc thù của ngành, như vận chuyển, kho bãi, thủ tục hải quan. Hạch toán kế toán công ty logistics đòi hỏi sự am hiểu sâu về chuỗi cung ứng, nơi các giao dịch thường liên quan đến ngoại tệ, chứng từ quốc tế và các khoản chi phí đa dạng. Người làm kế toán logistics chịu trách nhiệm ghi nhận các giao dịch liên quan đến vận chuyển, đóng gói, lưu kho và bảo quản hàng hóa cho đến khi sản phẩm đến tay người tiêu dùng.

Ngành kế toán logistics ngày càng phát triển, trở thành lĩnh vực hấp dẫn với nhiều cơ hội nghề nghiệp. Các doanh nghiệp chú trọng tối ưu hóa chiến lược logistics để nâng cao khả năng cạnh tranh. Quản lý hiệu quả hạch toán kế toán công ty logistics giúp tiết kiệm thời gian, chi phí và đề xuất chiến lược kinh doanh phù hợp. Vị trí này đóng góp quan trọng vào vận hành suôn sẻ của doanh nghiệp.

Kế toán logistics đảm bảo hoạt động tài chính liên quan đến chuỗi cung ứng được quản lý hiệu quả. Các công việc chính bao gồm:

• Ghi chép và theo dõi giao dịch tài chính: Ghi nhận mua bán hàng hóa, chi phí vận chuyển, lưu kho.
• Quản lý chi phí và doanh thu: Theo dõi chi phí vận chuyển, lưu kho, quản lý tồn kho; kiểm soát doanh thu từ dịch vụ logistics.
• Lập báo cáo tài chính: Chuẩn bị báo cáo lãi lỗ, bảng cân đối kế toán, báo cáo lưu chuyển tiền tệ.
• Quản lý công nợ: Theo dõi phải thu từ khách hàng, phải trả nhà cung cấp; thu hồi công nợ kịp thời.
• Kê khai và nộp thuế: Đảm bảo kê khai thuế GTGT, thuế thu nhập doanh nghiệp theo Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 và Nghị định 181/2025/NĐ-CP.
• Quản lý và đối chiếu tồn kho: Theo dõi hàng hóa trong kho, kiểm kê, đối chiếu số liệu.
• Quản lý tài sản cố định: Theo dõi phương tiện vận tải, thiết bị kho bãi; khấu hao theo Thông tư 200/2014/TT-BTC.
• Hỗ trợ lập dự toán và phân tích tài chính: Lập ngân sách, phân tích chi phí, lợi nhuận; đề xuất tối ưu hóa.
• Thực hiện kiểm toán nội bộ: Kiểm tra quy trình, báo cáo tài chính; phát hiện sai sót hoặc gian lận.

Công việc kế toán logistics không chỉ ghi nhận giao dịch mà còn phân tích, quản lý chi phí, tối ưu lợi nhuận và đảm bảo hoạt động tài chính suôn sẻ.

2. Các tài khoản kế toán thường dùng trong ngành Logistics

Trong hạch toán kế toán công ty logistics, các tài khoản kế toán được sử dụng phổ biến theo Thông tư 200/2014/TT-BTC hướng dẫn Chế độ kế toán doanh nghiệp. Dưới đây là các tài khoản chính:

• TK 131: Phải thu của khách hàng (doanh thu dịch vụ vận tải, kho bãi).
• TK 511: Doanh thu (TK 5113 cho doanh thu cung cấp dịch vụ logistics).
• TK 3331: Thuế GTGT đầu ra (áp dụng theo Thông tư 69/2025/TT-BTC).
• TK 112: Tiền gửi ngân hàng (thu tiền từ khách hàng).
• TK 3387: Doanh thu chưa thực hiện (thanh toán trước cho dịch vụ).
• TK 154: Chi phí sản xuất kinh doanh dở dang (tập hợp chi phí dịch vụ theo job).
• TK 642: Chi phí quản lý kinh doanh (chi phí hành chính logistics).
• TK 1388: Phải thu khác (khoản chi hộ, thu hộ).
• TK 621, 622, 627: Chi phí nguyên liệu, nhân công, quản lý (cho kho bãi, vận chuyển).
• TK 133: Thuế GTGT đầu vào (khấu trừ cho chi phí hợp lệ).

Những tài khoản này giúp phân loại chính xác doanh thu, chi phí và thuế trong ngành logistics.

>>> Xem thêm: Hướng dẫn hạch toán chi phí chạy thử máy móc chuẩn Thông tư 200

3. Hướng dẫn hạch toán các nghiệp vụ Logistics phổ biến

Hạch toán kế toán trong công ty logistics đòi hỏi nắm vững quy trình, phân loại chi phí và theo dõi thu chi. Dưới đây là hướng dẫn chi tiết theo các nghiệp vụ chính, tuân thủ Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 và các văn bản hướng dẫn.

3.1. Hạch toán doanh thu và chi phí dịch vụ vận tải

Khi cung cấp dịch vụ vận chuyển:

• Nợ TK 131 / Có TK 5113 (Doanh thu dịch vụ) / Có TK 33311 (Thuế GTGT đầu ra, 10% theo Thông tư 69/2025/TT-BTC).

Khi thu tiền: Nợ TK 112 / Có TK 131.

Chi phí vận chuyển (lương lái xe, khấu hao phương tiện, xăng dầu, thuê ngoài): Nợ TK 621, 622, 632 / Có TK 111, 112, 331.

Đối với vận tải quốc tế, áp dụng thuế suất 0% nếu đáp ứng điều kiện theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP, với chứng từ như hợp đồng, vận đơn.

3.2. Cách xử lý các khoản chi hộ và thu hộ khách hàng

Các khoản chi hộ thu hộ là đặc thù của logistics, cần phân biệt rõ để tránh rủi ro thuế.

Khi chi hộ: Nợ TK 1388 / Có TK 111 hoặc 112.

Khi thu hộ: Nợ TK 111 hoặc 112 / Có TK 1388.

Theo Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, nếu chỉ chi hộ và thu lại đúng số tiền trên hóa đơn mang tên khách hàng, không phải xuất hóa đơn GTGT, chỉ lập chứng từ thu-chi. Nếu hóa đơn mang tên công ty, phải xuất hóa đơn cho khách và kê khai thuế.

3.3. Hạch toán phí lưu kho, lưu bãi (Demurrage & Detention)

Dịch vụ kho bãi bao gồm thuê kho, xếp dỡ, kiểm đếm, kho ngoại quan.

Khi ký hợp đồng: Nợ TK 131 / Có TK 5113 / Có TK 33311.

Khi nhận tiền trước: Nợ TK 112 / Có TK 3387 / Có TK 33311.

Ghi nhận doanh thu sau thực hiện: Nợ TK 3387 / Có TK 5113.

Chi phí kho bãi (vận hành, quản lý): Nợ TK 621, 622, 627 / Có TK 111, 112, 331.

Đối với phí Demurrage & Detention (lưu container): Tách rõ phần khách hàng chịu để hạch toán thu hộ vào TK 1388.

Danh sách các loại phí đặc thù cần lưu ý:

• Phí Local Charges: THC (phí xếp dỡ), Seal (niêm phong), DOC (phí chứng từ).
• Phí lưu container (Dem/Det): Cần tách rõ phần khách hàng chịu để hạch toán thu hộ.
• Cước vận chuyển quốc tế: Áp dụng thuế suất 0% nếu đáp ứng điều kiện vận tải quốc tế.

Khi tạm ứng chi phí hải quan (nâng hạ container, kiểm hóa, lưu kho): Nợ TK 141 / Có TK 111 hoặc 112.

Khi thanh toán: Nợ TK 1388 / Có TK 141.

Hoàn thành và nhận thanh toán: Nợ TK 111 hoặc 112 / Có TK 1388.

>>> Xem thêm: Hướng dẫn hạch toán xây dựng nhà xưởng trên đất thuê chuẩn pháp lý

4. Cách tính giá thành dịch vụ Logistics theo từng lô hàng (Job)

Để tính giá thành dịch vụ logistics theo từng lô hàng (Job), kế toán sử dụng “Mã vụ việc/Mã Job” để tập hợp chi phí liên quan, xác định lãi/lỗ chính xác.

Bước 1: Phân bổ chi phí trực tiếp (vận chuyển, kho bãi) vào TK 154 theo mã Job.

Bước 2: Tập hợp chi phí gián tiếp (quản lý, hành chính) phân bổ theo tỷ lệ doanh thu hoặc thời gian.

Bước 3: Kết chuyển giá thành: Nợ TK 632 / Có TK 154.

Bước 4: Phân tích lãi/lỗ từng Job qua báo cáo quản trị.

Sử dụng phần mềm kế toán đồng bộ với phần mềm Forwarding để tránh sai sót mã Job, theo yêu cầu chứng từ điện tử trong Thông tư 69/2025/TT-BTC.

5. Quy định về thuế suất GTGT đối với Logistics và vận tải quốc tế

Theo Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 và Thông tư 69/2025/TT-BTC, thuế suất GTGT cho dịch vụ logistics nội địa là 10%.

Đối với vận tải quốc tế (điểm đi hoặc đến ngoài Việt Nam) và dịch vụ cung ứng trực tiếp (như xếp dỡ, lưu kho liên quan), áp dụng thuế suất 0% nếu đáp ứng đủ hồ sơ: hợp đồng, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, vận đơn theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP.

Thuế GTGT đầu vào từ chi phí hợp lệ (vận chuyển, kho bãi) được khấu trừ qua TK 133.

Lưu ý thuế nhà thầu (FCT) khi trả cước hãng tàu nước ngoài: Doanh nghiệp logistics khấu trừ và nộp thay, trước khi chuyển tiền, theo quy định cập nhật 2026 từ Thông tư 80/2021/TT-BTC.

6. Những lưu ý quan trọng về chứng từ khi quyết toán thuế Logistics

Chứng từ là yếu tố then chốt trong quyết toán thuế logistics. Các tài liệu cần thiết bao gồm:

• Hóa đơn, chứng từ giao dịch: Hóa đơn mua/bán, phiếu xuất/nhập kho, phiếu thu/chi, hợp đồng vận chuyển/kho bãi.
• Sổ sách kế toán: Sổ cái, sổ nhật ký, sổ theo dõi công nợ, chi phí, doanh thu.
• Báo cáo tài chính: Lãi lỗ, cân đối kế toán, lưu chuyển tiền tệ.
• Báo cáo quản trị: Phân tích chi phí vận chuyển/kho, dự toán ngân sách.
• Tài liệu tồn kho: Báo cáo kiểm kê, danh sách hàng hóa.
• Tài liệu tài sản cố định: Hồ sơ phương tiện, khấu hao.
• Tài liệu thuế: Tờ khai GTGT, TNDN; biên lai nộp thuế.
• Chứng từ bảo hiểm: Hợp đồng bảo hiểm hàng hóa, phương tiện.

7. Câu hỏi thường gặp

Khoản thu hộ có phải xuất hóa đơn GTGT không?

Nếu doanh nghiệp chỉ chi hộ và thu lại đúng số tiền trên hóa đơn mang tên khách hàng thì không phải xuất hóa đơn, chỉ lập chứng từ thu – chi. Nếu hóa đơn mang tên công ty Logistics thì phải xuất hóa đơn lại cho khách hàng và kê khai thuế bình thường.

Dịch vụ Logistics được hưởng thuế suất 0% khi nào?

Áp dụng cho vận tải quốc tế (điểm đi hoặc điểm đến ngoài Việt Nam) và các dịch vụ cung ứng trực tiếp cho vận tải quốc tế nếu đáp ứng đủ hồ sơ (hợp đồng, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, vận đơn).

Làm sao để quản lý giá thành theo từng lô hàng (Job)?

Kế toán nên sử dụng “Mã vụ việc/Mã Job” cho từng lô hàng để tập hợp tất cả chi phí liên quan, từ đó xác định chính xác lãi/lỗ của từng đơn hàng.

Cách hạch toán công nợ trong công ty logistics?

Công ty logistics cần theo dõi công nợ từ khách hàng và nhà cung cấp. Các khoản nợ của khách hàng sẽ được hạch toán vào tài khoản phải thu (tài khoản 131), trong khi các khoản nợ với nhà cung cấp sẽ được ghi nhận vào tài khoản phải trả (tài khoản 331).

Hạch toán chi phí bảo hiểm hàng hóa trong công ty logistics?

Chi phí bảo hiểm hàng hóa trong quá trình vận chuyển được hạch toán vào tài khoản chi phí bảo hiểm (tài khoản 641 hoặc tài khoản chi phí liên quan). Đây là khoản chi phí phát sinh để bảo vệ hàng hóa khỏi các rủi ro trong quá trình vận chuyển.

Hy vọng rằng, với những hướng dẫn chi tiết trong bài viết, bạn đọc đã có thể hiểu rõ hơn về cách hạch toán kế toán trong công ty logistics. Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện, có thể sẽ phát sinh những tình huống cụ thể khác nhau. Vì vậy, nếu có bất kỳ thắc mắc nào, đừng ngần ngại liên hệ với ACC Khánh Hòa để được tư vấn và hỗ trợ một cách nhanh chóng, chuyên nghiệp.